白い漆喰塗りの土の壇（亀腹）上に建てられている「法華堂」は、丈六（４．８５ｍ）の本尊「不空羅索観音立像」に因んで「羅索（けんじゃく）堂」と呼ばれ、「羅」は狩猟の網、「索」は魚釣りの糸の事で、それらを持って、人々の苦難を摘み取る観音様です。なお、国宝で秘仏「執金剛神像」は毎年１２月１６日に開扉され、厨子の前に掛かっている２基の鉄釣灯籠は、鎌倉時代の作で国重文ですが、火袋中段の網目文に止まっている蜂は、執金剛神の元結から飛び出し平将門を刺しました。また、堂の前に建つ石灯籠は、刻銘入りでは、日本最古で、１２５４年（建長６年）宋人・伊行末（いぎょうまつ）が造って施入しました。
「法華堂」の西側に建つのが、三間四方で正方形の「三昧堂」です。毎年４月に法華三昧が行われるので「四月堂」とも称し、また、かって本堂の「千手観音像」の脇侍だった「普賢菩薩像」を本尊として安置していたので、「普賢三昧堂」とも称され、現在の様に二重屋根の形式を持つお堂は、室町時代（１４００年〜１５００年代）の建築物と云われています。なお、北隣に建つのが大仏様遺構の「開山堂」で、内陣に平安時代作の木造肖像彫刻として名高い「良弁僧正坐像」が、実際に僧正が愛用された如意（にょい）を手に持ち、「実忠和尚坐像」と背中合わせで安置され、境内に奈良三銘椿の１つ「糊こぼし」が植わっています。
また、「法華堂（三月堂）」の前から東へ登ると、高台に「不動堂」が建っています。室町時代の建物なので、鎌倉時代の大仏様ではシンプルだった屋根の下の梁の両端（木鼻）が、牙を待つリアルな象で彫刻され、ここでは、仏教修行の１つ、加行（けぎょう）の最後に不動護摩（ふどうごま）を焚かれますが、その時、お不動さんが悪戯をして美女の姿で現れ、修行が熱心に行われているかを試されると云う伝承があります。なお、「華厳経（けごんきょう）」では、菩薩の修行の階位を十地（じゅうじ）に分け、その八地が「不動地」ですが、煩悩（ぼんのう）に惑わされる事なく、自在の力を持った境地を不動と云うそうです。
「法華堂（三月堂）」の南隣が「手向山八幡宮」、正面に四基づつ並んだ石灯籠の左右に、それぞれ同じ「校倉（あぜくら）」が建っています。南側が「手向山八幡神輿庫」で、北側が「法華堂経庫」です。この様な校倉は、奈良・平安時代の中央及び地方の官庁や大寺院に必ず在り、校倉の棟が集まった一廊を正倉院と言い、当時は何処にでも在りましたが、長い年月で殆どの校倉が取り潰され、今も残っているのは、ここと、唐招提寺の校倉、そして、東大寺の正倉院の校倉一棟だけです。また、「法華堂経庫」の南隣に十三重石塔「御髪塔」が建っていますが、これは大仏殿の再建で使用された黒髪のロープを埋めて祀っています。
「手向山（たむけやま）八幡宮」は、大仏鋳造の時に、その守護神として豊前（大分県）の宇佐八幡神を勧請され、東大寺の鎮守社でしたが、明治維新直後の神仏分離に際し東大寺から独立しました。１６９１年（元禄４年）公慶再建の本殿に祀られていた快慶作で国宝「木造僧形八幡座像」は、今は東大寺勧進所の八幡殿に秘仏として安置され、毎年１０月５日に開扉されますが、座像に「建仁元年（１２０１年）十二月二十七日開眼造立施主快慶」の墨書銘があります。他には国宝の「唐鞍（からくら）」も有り、また、ここで売られてる絵馬は、縦型で馬の絵が描かれ、後ろ前がよく分からないけど、古い絵馬の形を留めています。
本殿に向かって右に「オガタマノキ」があります。樹高約１８ｍ、幹周２．４ｍ、推定樹齢３００年で、暖地に生育するモクレン科の常緑高木、花は約３ｃｍで黄色みを帯び、とても良い香りを放ち、密に繁る葉は光沢があり、長楕円形で硬いけど、ミカドアゲハの幼虫が食べ、昔は「賢木、栄木、さかき」と呼び、神事に用いたが、現在用いられるツバキ科の「サカキ」とは別で、招霊（おきたま）の「おがみたまう木」が訛って「オガタマノキ」になり、秋に果袋の中に真っ赤な丸い実が成って、振ると妙なる澄んだ音がして、天宇受売命が天岩戸の前で踊った時、手に持っていたのが「オガタマノキ」の小枝で、神楽鈴の起源です。
「手向山八幡宮」の本殿に向かって右（南）へ行くと、菅原道真が腰を掛けた石があり、彼は、８９８年（昌泰元年）１０月朱雀院（宇多上皇）が吉野の宮滝から、竜田山を越えて河内に入り、住吉神社に詣でて御幸された時に随行し、「手向山」にも立ち寄って、「百人一首２４」に載った「古今集」の和歌を詠み、
此のたびは幣（ぬさ）も取りあえず手向山
紅葉の錦（にしき）神のまにまに 菅家
時に彼は５４歳、右大臣に昇格する前年で、それから３年後、筑前の大宰府へ左遷（させん）されました。